В Республике Беларусь продукты «Простоквашино» производятся на 2 заводах - в Пружанах (Брестская область) и в Шклове (Могилевская область). В настоящее время на этих заводах налажен выпуск молочных продуктов под брендом «Простоквашино» для продажи в Республике Беларусь и Российской Федерации.

На заводе осуществляется входной контроль каждой партии молока-сырья, поступающего с ферм. Сырое молоко проверяется по органолептическим, физико-химическим, микробиологическим показателям, а также на содержание антибиотиков и ингибирующих веществ (веществ, которые «маскируют» плохое качество молока). При выявлении несоответствия партии сырого молока хотя бы по одному показателю, партия бракуется и возвращается на ферму. Также 1 раз в квартал образцы сырого молока сдаются во внешние аккредитованные лаборатории для анализа на показатели безопасности (тяжёлые металлы, токсины, радионуклиды).

Контроль качества готовой продукции осуществляется на заводе по органолептическим, физико-химическим и микробиологическим показателям в соответствии с требованиями законодательства и в соответствии с требованиями компании «Данон». Продукция проверяется с определённой периодичностью в процессе производства, и также осуществляется контроль партии готовой продукции после того, как она была передана на склад завода. При выявлении несоответствия качества партии готовой продукции требованиям она бракуется и утилизируется. Вся готовая продукция регулярно тестируется по показателям безопасности во внешних аккредитованных лабораториях. Также в компании «Данон» существует такая программа, как store-check, когда ежемесячно сотрудники отдела качества компании «Данон» сами покупают производимую на заводах продукцию, в том числе и «Простоквашино», в торговых точках и анализируют её качество. При такой проверке выявляются проблемы, обусловленные несоблюдением условий транспортировки продукции или хранения на складах, в торговых точках. 

Для производства продуктов «Простоквашино» используется сырое молоко высокого качества. В основном это молоко сорта «экстра» и высшего сорта.

Сырое молоко поставляется с ближайших ферм в охлаждённом виде, что позволяет максимально сохранить его свежесть и качество при поступлении на завод.

Фермы, с которых поставляется молоко, ежегодно проверяются квалифицированными специалистами компании «Данон». По результатам проверки руководству ферм даются рекомендации по улучшению существующих на ферме практик (санитарного состояния, ухода за животными, подготовки кормов и т.д.).